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Leaching, the recovery …，was a well-established method..., but…miners did not realize that …..

Leaching主语，was谓语，a well-established method of mineral extraction表语，but引导转折分句，miners主语，did not realize谓语，that bacteria take an active part in the process宾语从句。过滤，即从drainage water of mines中还原铜的方法，早在18世纪就是一种矿物开采所行之有效的方法，但直到约25年前，矿工们还没有认识到细菌在这一过程中所发挥的积极作用。

选项分析：

(A) but前的分句有leaching、it两个主语，错误。

(B) but前的分句没有谓语。

(C) Correct；as early as the eighteenth century副词性短语修饰整个分句。

(D) that was修饰不清；而且as early as the eighteenth century时间状语无法做method的表语，应该使was变为助动词，后面加上一个过去分词作为谓语动词，如that was established as early as…。

(E) well established修饰method还是mineral extraction不清；过去完成时使用错误，had been表达的意思